Genotypizace HLA systému metodami SSO a NGS

Produkty řady LIFECODES HLA Typing Kits – Rapid jsou určeny k DNA typizaci HLA alel metodou SSO. Většina metod, které jsou založeny na typizaci DNA, využívá proces PCR pouze jako amplifikační fázi k získání potřebné DNA. K odlišení rozličných alel je v procesu HLA typizace potřeba tzv. postamplifikační fáze.

Metoda Lifecodes SSO Rapid využívá k identifikaci alel sekvenčně specifické oligonukleotidy (SSO) vázané na fluorescenčně značené mikročástice. Tato metoda reverzní transkripce SSO pomocí typizačních souprav Lifecodes využívá homogenního muliplexového systému. Nejdříve je cílová DNA amplifikována (PCR) s využitím sekvenčně specifického primeru. PCR produkt je následně hybridizován s komplementárními DNA sondami, které jsou konjugovány s fluorescenčně značenými mikročásticemi. Detekce PCR produktu je možná díky streptavidinu konjugovaného s R-fykoerytrinem. Analyzátor založený na principu průtokové cytometrie Luminex® 100/200™ je následně schopen identifikovat fluorescenční intenzitu fykoerytrinu (PE) u každé mikročástice.

Typizační soupravy Lifecodes SSO Rapid jsou navrženy tak, aby bylo možné dosáhnout rozlišení co největšího počtu HLA alel a eliminovat tak počet nejednoznačných výsledků. 

Více informací o variantách souprav SSO-Rapid najdete v katalogu

 

 

NGS 

Představení metody NGS od společnosti Immucor >>

MIA FORA NGS FLEX HLA typizační souprava je jediným řešením sekvenování nové generace, která poskytuje úplné, flexibilní pokrytí a optimalizovaný laboratorní pracovní postup.

  • Od vzorku k sekvenování za <24 hodin
  • K dispozici varianty pro 5, 6, 9 a 11 genů
  • Upgradujte na výkonný software MIA FORA 3.0
  • Kompatibilní jak se servery Windows, tak Linux

MIA FORA nese v Evropské unii označení CE pro in vitro diagnostické použití. 

 

MIA FORA NGS FLEX nabízí nejrozsáhlejší pokrytí HLA genomu, zejména s ohledem na všechny lokusy DRB.

Komponenty soupravy 

Součástí souprav MIA FORA jsou všechna činidla potřebná pro PCR amplifikaci, přípravu činidel a sekvenování. Sady MIA FORA obsahují také adaptéry a magnetické kuličky. Kity jsou k dispozici v konfiguraci pro 5, 6, 9 a 11 genů.

Pracovní postup 

MIA FORA NGS FLEX poskytuje efektivní pracovní postup, který bere v potaz náročnost práce HLA laboratoře a je navržen tak, aby byla minimalizována doba práce laborantů.

  • Vzorky jsou poolovány před přípravou knihovny, což snižuje kroky pipetování z 576 na 72.
  • Validovaná automatizace zefektivňuje kroky před a po PCR.
  • Všechna činidla jsou obsažena v soupravě spolu s předem smíchaným master mixem, což eliminuje potřebu samostatných zdrojových komponent sestavy.

Celkový čas metody: <48 hodin

Celkový čas strávený v laboratoři: <6 hodin